办法在纸上说过了，究竟办到没有？他要在各科底账簿上切实注明。在内阁里，他自己也有账簿，可以随时稽考。他以六科控制六部，再以内阁控制六科。这是居正底政治系统。
六科是明朝特有的政治机构。一切行政事务，分属吏、户、礼、兵、刑、工六部，各部行政长官，有尚书、左右侍郎。同时又有吏、户、礼、兵、刑、工六科，各科有都给事中、左右给事中、给事中。尚书是二品，都给事中只有七品，但是对于六部的封驳、纠劾之权，完全在六科手里。明朝的大官可以统率小官，但是小官同样可以牵掣大官，这是明朝的立法精神。六科实际上是六部的监察机关，各科给事中分管各科的事，但是对于国家大事，同样地可以建言；对于奉旨会推内阁大学士，吏、兵二部尚书，及在外总督、总兵的场合，各科都给事中同样地可以参加；至于光宗逝世的时候，杨涟以从七品的兵科右给事中，和内阁同受顾命，更是特有的创例。
居正以六科控制六部，是明朝的祖制，但是以内阁控制六科，使是一种创制。内阁本来是皇帝的秘书处，事实上不负行政责任，更谈不上监察责任，实施考成法以后，内阁实权显然扩大，所以万历四年刘台劾居正疏，称“居正定令，抚、按考成，章奏每具二册，一送内阁，一送六科。抚、按延迟则部臣纠之，六部隐蔽则科臣纠之，六科隐蔽则内阁纠之。夫部院分理国事，科臣封驳奏章，举劾其职也。内阁衔列翰林，止备顾问，从容论思而已。居正创为是说，欲胁制科臣，拱手听令。祖宗之法若是乎？”刘台底言论其实没有说错。
考成法底实施，在整理赋税的方面，发生的影响最大。中国人受圣经贤传底影响太大了。孟子见梁惠王，第一句便是“王何必曰利，亦有仁义而已矣”。孟子又劝梁惠王，“王如施仁政于民，省刑罚，薄税敛，深耕易耨，壮者以暇日，修其孝悌忠信，入以事其父兄，出以事其长上，可使制梃以挞秦楚之坚甲利兵。”政治家谈到理财，好象做了一件亏心的事。汉武帝时代，桑弘羊领大农，在整个国家，因为对外战争，已经走上经济崩溃底路线以后，居然靠着平准政策底运用，“民不益赋而天下用饶”。（《史记·平准书》）这是多么大的贡献，但是卜式对他的批评，只是“烹弘羊，天乃雨”。其实一个有组织的国家，不能没有国家的经济政策。没有经济，便没有政治。孟子底主张，是十分取一。白圭问道：“吾欲二十而取一，何如？”孟子说；“子之道，貉道也。”孟子是说无组织的民族，才能二十取一，有组织的国家，不能不十分取一。这是孟子底经济政策。他那“薄税政”的主张，用现代的术语，其实只是“养税源’。国家对于人民的赋税，不能太重，人民才可以谋经济发展，人民底经济发展了，国家便增加十分取一的机会。孟子底主张，其实不是“崇礼义，退财利，复往古之道，匡当世之失”（桓宽《盐铁论·利议第二十七》）那一套。
居正当国以后，他底主张是富国强兵。要强兵便先要富国。富国不外是开源、节流。在这两方面，他都尽了最大的努力。考成法是开源，在考成法以外，当然还有节流。
隆庆二、三年间的预算，每年国家收入二百五十余万两，支出四百余万两。（见奏疏一《请停取银两疏》）这是一个岌岌可危的预算。当时没有屋上架屋的构机，也谈不到亲戚故旧的汲引，所以要节流便不仅是裁减“骈枝机关”、“闲散人员”。隆庆年间的节流是从皇帝和国防入手。这是大处著墨的方法。所以隆庆三年穆宗向户部索银三十万两，内阁便把岁入、岁出的状况奏明，请求停取银两，其结果穆宗只是说：
朕览卿等所奏，户部银两缺乏。内库亦缺银两，朕方取。既这等说，且取十万来。卿等传示，不必再来奏扰。（附前疏）
这时的内阁大臣，真是负责任的大臣，穆宗底态度，有一些惫赖，但是皇帝索款，立刻打了三折，不能不算是好的。
隆庆六年居正当国以后，在节流方面，真是“锱铢必较”。神宗开馆纂修《穆宗实录》，居正上疏，请求免循旧例赐宴。他说：
臣等夙夜皇皇，方切兢惕，岂敢为此饮食宴乐之事，非唯于礼有不可，于心亦实有不安也。且一宴之费，动至数百金，省此一事，亦未必非节财之道。（奏疏二《辞免筵宴疏》）
这一年的冬天，居正在日讲的时候，请求次年正月早开日讲，不必设宴，并免元夕灯火。神宗真是一个听话的孩子，他说：
早吩咐停止了。伺候圣母用膳的时候，都很简单，逢到节期，只有果宴。
筵宴停止了，光禄寺春节的供应又省去七百余金。万历元年十月，居正进讲，言及宋仁宗不爱珠饰。
“贤臣才是宝贝，珠玉有什么用处！”神宗说。
“是呀，”居正再说，“明君贵五谷而贱珠玉；五谷养人，珠玉饥不可食，寒不可衣。”
“正是，”神宗说，“宫人们喜欢珠玉，但是朕在岁赐上，没有一次不减省。”
“皇上说到这一点，真是社稷苍生底福泽。”居正切实感到少年皇帝底“圣明”，同时也替户部宽心。他知道岁出方面，又省去一些不必要的开支。这年内承运库太监崔敏上疏请买金珠，奏疏发交内阁，居正看到以后，立即封还，切实给他一个否认。
居正底对付鞑靼，也随时考量到国家的财政问题。宣大边外，俺答底问题解决了。隆庆五、六两年的抚赏，所费不过万余，而所省己百余万，居正在给宣大总督王崇古的信上，曾经说起：“今所与虏者，国家不啻若九牛一毛，而所获兹如此，若公与仆所为国谋者，忠乎否耶！”（书牍四《与王鉴川言虏王贡市》）他真有些自负。但是他对于蓟辽，又是一种感想。蓟辽边外的“属夷”请求加赏，他认为不值得。他说：
今户、兵二部，已议为曲处。但此数一增，后来遂为岁例，帑藏之入有限，犬羊之欲无穷，岁复增加，曷有纪极？此其弊源，必有所在，不塞其源而徒徇其欲，将不知其所终矣！蓟门事体，与他镇不同，仆日夜念之，未尝少释。凡有所求，所司未尝不频顣而语，屈意而从也。仆亦坐是，往往见恶于人，若仆有所私庇于蓟者。然司农所藏，委为国乏，固亦无怪其频顣也。幸仆今谬司国柄，俟边警少暇，望公与镇、巡诸君，虚心商量，思一长策，著实整顿一番，庶为经久之计。若但拆东补西，支持目前，费日增而无已，兵复弱而莫支，将来必有以为口实者，恐仆与诸公，皆不能逭其咎也。（书牍四《答刘总督》）
应当节省的钱都节省了：光禄寺采办的钱，世宗末年，每年用十七万，现在只用十三四万，节约的力量，一直支配到皇上底御厨。但是节流只是一个方面，主要的方面还是开源。考成法实行了，开源便得到合法的立场。考成法是一根鞭子，它底目标是督促一切政务底进行。但是在财政方面，考成法底成绩最显著。居正说过；“考成一事，行之数年，自可不加赋而上用足。”（书牍七《答山东抚院李渐庵言吏治河漕》）这一句揭开居正底怀抱。
“不加赋而上用足”和桑弘羊底“民不益赋而天下用饶”，似乎神秘，实际上一点也不神秘。弘羊底武器是平准法，他打倒当时的富商大贾，把一切囤积居奇底利益，收归国有，这样应付了汉武帝时代的财政困难。居正底武器是考成法，他要实收粮赋，停止减免；这样便可以摧残当时的一部分大地主，维持国家底岁收。
明朝对于江南和浙西的税额特重，尤其是苏州府。明初苏州府岁征秋粮二百七十四万六千余石，和浙江全省相等，实在是一个骇人的数字。因此反而造成土地集中的情势。贫农底生活困难了，田地卖给富家；富家的势力扩大了，不但坐食田租底收入，而且因为地位优越，可以获得减免底特惠。大地主底地位从此形成。大地主在减免的时候，可以优先享受；在科役的时候，可以设法避免；甚至在征税的时候，可以任意拖延。一切的利益都归大地主；一切的负担都归贫农。到了贫农担负不了的时候，于是便把田地卖给地主，从小农底地位，降为佃农。有的贫农索性连同土地和自由，一齐卖给地主，于是成为农奴；农奴对于主人，固然丧失平等的身分；但是对于国家，反而获得意外的自由，催租科役的差人，从此不会上门。就是这一点，便可以引起小农底羡慕。有时小农底经济状况，还不十分困难的时候，自己也会到大地主家里，请求收为农奴，这就是所谓“投靠家人”。所以从经济的立场讲，国家和大地主显然地成为对立的形势。大地主底势力愈扩大，国家底岁入便愈减少。因为大地主底拖欠赋税，以及投靠家人底逃避徭役，于是国家不得不把赋税徭役分摊到无力拖欠或逃避的小农。其结果更把小农驱入佃农或农奴的地位，越发增加大地主底势力。国家的力量，只增加事态底严重。
这时是十六世纪，社会革命的呼声没有发动，平均地权的主张没有提出。有心的当局只有从“摧豪强，抑兼并”的途径入手。隆庆三年海瑞为应天巡抚，他底目的便是摧残大户。贫农底田产并入大户的，海瑞设法替他们夺还，实行他所看到的社会政策。后来万历十五年海瑞在南京死了，小民罢市，当他底棺枢出城的时候，沿江号哭相送的人，百里不绝，但是隆庆四年，海瑞就因为“鱼肉搢绅，估名乱政”的名义被劾，解除应天巡抚。这里看出当时的地主利益和小民利益的冲突，而为了国家对付地主的大臣，又常常因为地主阶级底势力而终归失败。